Сын Андрея Петровича Худякова. Кандидат технических наук, доцент. После окончания института пошел по стопам отца в ЦАКБ и ОКБ-1 (ныне РКК «Энергия»). Продолжает работать на этом предприятии и в настоящее время в должности начальника отдела и заместителя руководителя программы «Энергетические установки». Худяков руководил проектными работами при создании энергоустановок на основе топливных элементов для лунного орбитального корабля Советской лунной экспедиции и космического корабля «Буран». Автор ряда книг и научно-технических статей и изобретений. А. П. Худяков и С. А. Худяков являются авторами книги «Гений артиллерии».
